海龍用 Papers for Mac 搞學術的故事「上」

《用 Mac 搞學術之 Papers》是我在法國攻讀博士期間撰寫的一個系列文章,主要內容是 Papers 這個 Mac 軟件的使用方式,但也內嵌了一些做學術工作的流程。最初發(fā)布于我的個人博客,后來博客幾經改版,這個系列的文章也反復遷移過多次,鏈接也隨之不斷改變。于是頻繁收到很多網友索要最新鏈接的郵件和私信。

鑒于此,我想不如把它放到一個相對穩(wěn)定的網站。因為介紹的是 Mac 應用,我瞬間就想到我朋友 Frank 開的「Mac 玩兒法」,但考慮到 Papers 軟件已經有了多次小版本升級,貿然把之前的舊文轉到朋友網站上似乎有點跟不上時代,因此,覺得對原來的文章做個簡單的升級改寫。

改寫過程中,本打算將緒言部分刪掉,但想到我們在使用學術類軟件時大都在做學術類工作,這類工作當中知道「為什么」是一件至關重要的事情,而我在緒言中的故事恰恰表明了使用 Papers 這個軟件的緣起,如果沒有它,你將無法獲得一個完整的閱讀體驗。因此,最終我決定保留,我們的正文從「緒言」開始。

0. 緒言

2008 年末,我還是個大三的學生。我的好朋友 Alicia 邀請我合寫論文去參加我們經濟學院的論文比賽。盡管我覺得以一個本科生的能力去做學術基本上相當于論文格式練習,但我依然決定和她一起練習,主要有如下三個原因:

其一,我認為一個合格的本科生至少應該懂得基本的學術寫作流程以及注意事項,而實現(xiàn)這一目的的最佳手段就是完完整整地寫一篇正規(guī)的學術論文。

其二,作為一個寫作者,我深知一個人寫文章的寂寞。如果不是必須完成的任務,當寫作遇到阻礙時,很有可能筆一撂,鍵盤一推,下次再見到這篇半成品文章,可能要在系統(tǒng)清理軟件的「六個月以上未打開的文件」一欄:相信很多人和我一樣,這欄里顯示著無數(shù)「長篇小說」的開頭。但如果有人和你一起做事,你想放棄的地方可能正是對方擅長的地方,即使雙方都不擅長,也可以互相鼓勵,共度難關,這時你難免感慨:世界上最幸福的事情莫過于有個與你并肩作戰(zhàn)的同伴。

其三,她是一個很好的合作伙伴。學術功底扎實,不推卸責任,最最關鍵的是,還是個大美女。 于是這次寫作成了我第一次正規(guī)學術寫作。論文的主題和寫作的艱辛就不多說了,這次寫作給我留下最深刻印象的莫過于

寫作前大量的閱讀寫作時嚴格的引文規(guī)范。

首先,論文寫作之前要對所涉及的領域有一定的了解,尤其是要了解一下最前沿的內容。這樣做的目的是避免做重復工作,額外的好處是可以開闊寫作思路,學習寫作技巧,并能讓你站在巨人的肩膀上,盡管有時候你會感慨容易做的研究都被別人搶先做了,也無怪乎愛默生要說「我所有最好的想法都被古人剽竊了」,而我看到這句話的時候我對愛默生也是這個感覺。1要了解相關領域的研究現(xiàn)狀,主要的方法就是閱讀文獻。即便是一個經驗豐富、懂得有效篩選資料的學者,寫文章前的閱讀任務也不會輕松。這樣一來,無論以何種形式呈現(xiàn),我們面前總會出現(xiàn)一大堆論文。

閱讀論文的過程很難說是一種美妙的體驗。論文本身的難度不說,讀完還要有效的提取出論文的觀點,做好批注和閱讀筆記,不然你讀完第二篇文章的時候,基本上第一篇文章講了什么也就忘得差不多了,幾十篇文章讀過去,可能只記得最后一篇里面作者開了個玩笑說他的鄰居的地里的南瓜變成了怪獸。

可能有讀者要說:那是你記性不好罷了。我不排除有一些天賦異稟的人,可以僅憑大腦不借助其他工具完成這個「資料收集」工作,但我想大多數(shù)人并沒有這樣的能力。我自認記憶不算很差,可是學術論文的寫作方式決定了它并不適合快速記憶。我們都知道,人類比較擅長記憶形象具體的東西,比如有人給你講了個故事,可能你不需要復習,就可以記得大概的內容,可是如果有人給你一個數(shù)學或者物理學公式,你就可能需要反復念叨多遍才能記得。區(qū)別就在于,前者是具體形象的東西,聽故事的你可能會產生畫面感,可能會下意識地去理順故事的前因后果,多感官刺激并輔之以邏輯可以讓你不怎么費勁就記得故事的內容;而后者是抽象的東西,盡管有時候可以通過搞清楚推導過程利用邏輯來輔助記憶,但很多時候推導的過程并不容易獲取,即便獲取了也未必看得懂,或者說當我們把一個公式變得具體形象的時候,信息量可能已經超過了前面那個故事。學術論文多用后面這種抽象的寫作方式,尤其是在寸土寸金的頂級期刊上發(fā)表的權威論文:也許你心理有無數(shù)個故事,但期刊編輯會建議你把這樣的故事留給《紐約客》——如果你的故事足夠精彩的話。

于是,論文寫作過程中,如下一些問題就會反復出現(xiàn):

  • 1. 如何篩選優(yōu)秀論文;
  • 2. 如何獲取一篇特定的論文;
  • 3. 看論文時把批注寫在了論文的頁邊,后來需要用到這點內容時,卻發(fā)現(xiàn)自己批注過的版本沒帶;
  • 4. 用電腦或單獨的筆記本做的閱讀筆記,查找不便,大部分時候需要論文和筆記作對照,即使都在電腦里,同時兩個窗口看著也很痛苦;
  • 5. 一不小心做好批注的論文丟了,一不小心筆記丟了,一不小心電腦里的數(shù)據(jù)丟了,一不小心連電腦也丟了……

除了這些問題之外,學術論文中,非原創(chuàng)資料需要遵循非常嚴格的引文規(guī)范。無論篇中引用,腳注,還是最后的參考文獻列表,都有非常精細的格式要求。這樣,編寫引文尤其是編寫參考文獻列表就變成了一個簡單、機械、而又煩人的工作2。如果你導師是個強迫癥(或者說學術素養(yǎng)過硬),在你論文內容沒問題的時候,出問題最多的地方就會是你的引文格式;當然更痛苦的是一些像我一樣,自己本身就是強迫癥的人。3要知道,這些參考文獻你最初肯定讀了至少一遍,在寫論文過程中涉及到相關內容時,又引用了一遍,最后你編參考文獻還需要把它們的標題再挨個過一遍。無論是流程還是細節(jié)都充滿了重復,而重復就意味著存在簡化的可能性。

這篇論文最終順利完成,并拿到了比賽最高獎項,第一次學術論文寫作可謂有了一個圓滿的結束。但撰寫學術論文過程中所出現(xiàn)這些問題,卻開始在我心里生根發(fā)芽。

畢業(yè)后在業(yè)界工作了兩年,然后陰差陽錯又回到了學術圈。當我桌面上重新堆滿論文的時候,之前學術寫作所面臨的問題重新縈繞心頭。這時,我突然想到了本科一位老師的話,大意是:在他們那個年代,學校里面最好學的就是我們系的學生,每天都待在圖書館,大年三十的圖書館中都會有我們系同學的身影;而現(xiàn)在不比以前,大家都不去圖書館了,這樣的學生怎么能做好學術呢?

的確,除了考研大軍之外,大部分人似乎都失去了去圖書館的習慣,而且,現(xiàn)在也不比以前,我們確實需要不斷的去做一些別的事情,比如實習,來使自己在就業(yè)市場上更有優(yōu)勢。但同時,我也在想,不去圖書館真的無法搞學術嗎?那些搞學術的人真的是因為不去圖書館就變成不學無術了嗎?

也許我目前還處在不學無術的階段,但我的答案是否定的——我們獲取學術資料的主要途徑早就不是圖書館了,而是互聯(lián)網。在今天,哪個圖書館還敢說自己館藏論文比互聯(lián)網上的論文數(shù)據(jù)庫還多?如果我在家里用電腦能獲得更全面的資料,我為什么還非得去圖書館呢?別告訴我是因為你喜歡上了天天坐在 99 號桌的那個姑娘。

不過關于圖書館的聯(lián)想讓我有了一個新的想法。圖書館的好處在于它的歸檔系統(tǒng)非常完善:首先資料不易丟失,其次只要這份資料存在,我們就可以按照一定的規(guī)則很容易地找到。這樣的系統(tǒng)可以有效的解決上面列出的 2,3,4,5 四個問題,那么我們是否可以為自己構建這樣一個系統(tǒng)呢?在我的老師生活的那個年代答案或許未知,而如今,理論上我們可以輕而易舉的把整座圖書館放進個人電腦,答案絕對是 Yes。

當我?guī)е@樣一個想法上互聯(lián)網搜索時,驚喜地發(fā)現(xiàn)這個圖書館已經有人替我們做好了。這就是今天文章的主角,一款叫做 Papers 的應用。

這個應用有效的解決了 2,3,4,5 四個問題,如果你自己有一定經驗的話,還對你解決問題列表中的第 1 個問題有很大的幫助(后文會講)。同時,它極大地簡化了引文編寫的流程,是 Mac 下不可多得的優(yōu)秀文獻管理軟件。4

1. Papers 簡介

Papers 官網上用這樣一句話來描述他們的產品:

Your personal library of research (如圖所示):

翻譯成漢語就是「你的個人科研圖書館」。結合前文,這樣一個定位的軟件正是我一直以來尋求的東西。

Papers 的界面格局和 Mac 上很多軟件類似(如圖所示):

  • 在軟件處在最前方的時候,菜單欄與系統(tǒng)菜單欄集成在一起;
  • 軟件窗口頂部除了常規(guī)的窗口調節(jié)的功能按鈕之外,有幾個不同功能的按鈕和標簽,具體功能在涉及到的時候再做詳細說明;
  • 左右各有一個側邊欄,和大部分蘋果應用一樣,左側邊欄主要展示分類和結構(具體是什么取決于軟件的目的),右側邊欄的主要展示具體某個文件的屬性;
  • 中間是主工作區(qū),作為一款文獻管理軟件,這里的主要功能是用不同的方式來呈現(xiàn)你「個人圖書館」的館藏。

官網上用四個關鍵詞簡單的概括了 Papers 的功能:發(fā)現(xiàn)(Find)、整理(Organize)、閱讀(Read)、引用(Cite)。不妨就用這四個詞作為我們這篇文章的結構。

在第 2 節(jié)我們將介紹如何利用 Papers 強大的搜索功能,結合龐大的互聯(lián)網數(shù)據(jù)庫資源,來獲取我們研究所需的資料。在第 3 節(jié),我們會介紹如何對所收集的論文及其它資料進行有效整理,同時會介紹篩選研究資料的技巧(還記得嗎?這是我們問題列表中的第一個問題)。第 4 節(jié)主要講如何使用 Papers 提供的輔助功能更加有效的閱讀文章。第 5 節(jié)將會介紹 Papers 強大的引文功能。目前 Papers 最新版本是 3.4.10 版,本文的所做的介紹也基于這個版本。5

2. 資料收集(Find)

如果你手里有一些學術資料(論文,書籍,或者其他資料),正雜亂無章地放在你電腦的某個文件夾里,甚至平鋪在電腦桌面上,你都可以用一個 Mac 下的最為常用的動作——直接把這些資料拖拽到 Papers 主窗口或者 Dock 上的圖標。沒錯,就這樣一個簡單的動作,你電腦里原來的學術資料就被收集到了 Papers 當中。(Papers 支持多種文件格式,如 PDF,KEY,DOC,XLS,PPT,JPG,MP3,MOV,MP4 等等)

把電腦里的學術資料導入只是收集工作的第一步,也許這些資料已經足以幫你完成手里的工作,但如果我們的學術生活要繼續(xù),那么就要搜集一些新的資料。

以論文為例,如果我們需要找一篇論文,互聯(lián)網剛剛興起時,大部分做學術的朋友都會去一些論文期刊數(shù)據(jù)庫(比如 JSTOR,Web of Science 等等。)里面搜索。這樣做的問題是,有可能自己找的文章在某個數(shù)據(jù)庫里沒有,只好再換另一個數(shù)據(jù)庫,當你換到第三個的時候你就會想有沒有什么搜索引擎能把這些數(shù)據(jù)庫都整合了?正當很多人這么想的時候,Google Scholar 出現(xiàn)了,把大部分學術數(shù)據(jù)庫都整合到了這個單一的搜索引擎里,這樣的話我們可以直接在 Google Scholar 里找到自己要的東西,然后點擊鏈接直接跳轉的相關數(shù)據(jù)庫里的相關論文。極大的簡化了操作流程。順便說一句,這些數(shù)據(jù)庫的資源都是需要付費的,如果是個人用戶,只需要一兩篇文獻可以考慮直接購買,但一般來說大學和研究機構會購買幾個主要數(shù)據(jù)庫的接入權限,這樣的話,只要你先登錄了校園網(通常是圖書館的網站)或者利用學校內網6上這些數(shù)據(jù)庫,就可以免費獲取這些文獻。

那么如果一個文獻管理軟件可以集成 Google Scholar 搜索并自動導入找到的文獻無疑將最大限度的簡化文獻收集流程,Papers 做到了。點擊頂欄那個帶有加號的搜索按鈕,就會彈出 Papers 功能強大的一體化搜索框,左側邊欄也會有相應變化(如圖所示)。

在這個搜索框中你可以像平時一樣簡單輸入關鍵詞進行搜索,也可以按照你所知的論文信息,比如標題、作者、主題、時間等來進行搜索,同時可以利用一些邏輯聯(lián)結詞對這些條件進行組合以得到更精確的結果。舉個簡單的例子,我要找一篇標題中含有 Social Science ,作者的姓是 Moor,同時是 1976 年發(fā)布的文章,我可以對搜索框按以下步驟操作:

  1. 輸入 Social Science,在彈出的菜單中點擊 Title;
  2. 點擊邏輯聯(lián)結詞 AND;
  3. 輸入 Moor,然后點擊 Author;
  4. 點擊邏輯聯(lián)結詞 AND;
  5. 輸入 1976,然后點擊 Year;
  6. 點擊 Start Search…。

然后我就找到了 James Moor 在 1976 年發(fā)表的 Rationality and the Social Sciences 這篇論文。

點擊這篇論文,右側邊欄會顯示一些基本信息,你可以進一步確認這篇論文是不是你所需要的。如果正是你要的論文,你可以直接點擊右側 Import 按鈕,如果有 PDF 可以直接獲取,這篇文章的 PDF 版本就會被保存到你的 Papers 中,否則軟件會保留一個網頁鏈接,可以等你需要的時候再通過網站要求的方式進行獲?。ㄍǔJ琴徺I)。

如果你用的是學校和研究機構的網絡,強烈建議你在搜索之前先在瀏覽器里登錄校園網,同時在 Papers 的「偏好設置」(Preferences …)里設置***,在下拉菜單中選擇你們學校(如圖,我選了我自己的學校 ESSEC Business School)。這樣,如果你們學校擁有文章所在數(shù)據(jù)庫的權限的話,就可以直接導入 PDF 文檔(或者其他支持格式的文檔)。

如果你雙擊某一條搜索結果,你可以看到結果的頁面,這個結果頁會被直接導入到你的 Papers 當中,導入的效果和你點擊 Import 一樣。如果結果頁面中有全文鏈接的話,你可以直接點擊鏈接,這樣 Papers 會自動用這個文檔代替原來的網頁文件。

在你雙擊搜索結果的同時,這條搜索結果會被收藏在左側邊欄的 Pinned Results 那一欄,以便你隨后查閱。同時你可以注意到,搜索頁的左側邊欄最上面一欄是搜索引擎 (Search Engines),這里不僅有前面提到的 Google Scholar,還有其他一些不同功能的搜索引擎,你可以根據(jù)你的需求來管理和使用。第二欄就是剛剛提到過的 Pinned Results ,你可以理解為一個搜索結果的收藏夾。第三欄是文件導入窗口,點擊它會彈出相應的拖拽區(qū),讓你更方便地導入本地資料。最下面一欄是云服務,如果你在使用相應的云服務(目前只有Mendeley 和 Zotero),也可以在這里把存在云中的文件導入 Papers。

我想利用以上流程可以幫你高效完成資料收集工作,那么搜集好的資料如何處理呢?請看第3節(jié)「整理 (Organize)」。


未完待續(xù)…

本文作者郝海龍,并由作者授權刊登。原文標題《用 Mac 搞學術之 Papers》


  1. 后來突然看到?一些上世紀五六?十年年代的回歸分析論?文,頓時舒坦了了許多:要知道這些論?文的回歸都是?手?工跑出來的(我不不禁遐想跑回歸的 是學者本?人還是他帶的研究?生)。 

  2. 事實上很多?工作之所以煩?人就是因為簡單、機械,?比如背單詞,我想它?一定會同時出現(xiàn)在世界上最簡單和最煩?人?工作的列列表上。 

  3. 要知道為了了格式美觀,在參加論?文?比賽時,我堅決只提交 PDF 格式的論?文,?而不不是組委會推薦的 Word 格式;為了了讓評審?手感好?一些,我 特意?用80g 的紙打印的論?文。 

  4. ?涉及到軟件界?面與操作時,本?文內容基于 Papers 3.4.10 版。 

  5. 盡管3.o Beta版還不不是很穩(wěn)定,經常出現(xiàn)軟件崩潰重啟的情況,對?一些軟件?支持的也不不是那么好,但相信在不不久的將來可以得到有效的解 決,畢竟只是個Beta版,我們不不能過于苛求。就現(xiàn)在的軟件穩(wěn)定性?而?言,如果你有嚴重的?工具依賴,暫不不建議?入?手3.0版,可以考慮先?用 第2版做?一個過渡,等第3版穩(wěn)定了了之后再升級。 

  6. 不同學校的授權方式可能不太一樣,?如我之前的學校只要登錄了了校園網就可以,而某些學校需要驗證 IP 地址,如果不在校園內可能需 要 支持。 

評論 13 條
  • dolanchy

    懂得思考自己遇到的問題,思考怎么解決問題,而且還有一顆愿意分享的心,而且有非常高的寫作水平。這四點都很難得啊,簡直是很想認識這個小哥哥了,may I have ur wechat?

    2019-03-18 15:29 回復

  • icumo

    你好,謝謝你的經驗分享,可是我沒有找到papers的偏好設置(preference),請問在哪里呢

    2019-03-14 16:33 回復

  • 你好

    你好請問一下pinned results怎么取消呀?可以取消嗎?

    2018-03-11 16:48 回復

  • Andy

    非常有幸讀到你寫的papers使用指南,請問我是四川大學的,preferences設定學校下拉菜單沒有中國的學校,那怎樣輸入學校網址呢

    2018-01-16 12:48 回復

    • liu

      你好我有同樣的問題,不知道您解決了嗎?

      2018-01-25 22:27 回復

    • jerry

      請問我也找不到preferences我國內大學。。請問你怎么解決的 ?另外我搜到的文獻都沒辦法獲得pdf。求助

      2019-12-04 22:25 回復

  • Charme

    你好,給論文添加作者,點了加號以后沒反應,無法添加作者呀?

    2017-09-28 11:26 回復

    • Dr.liu

      可以添加作者,只是現(xiàn)需要輸入拼音,save,然后再將拼音改成中文即可,的確比較麻煩,中文的支持不夠友好

      2018-01-25 22:28 回復

  • 笨拙的綿羊

    請問一下,為什么用paper3 搜索的文獻數(shù)量遠少于直接上pubmed搜到的文獻數(shù)量?

    2017-09-24 15:28 回復

  • wennylu

    我的papers左側并沒有pinned results這一欄。。。同時也找不到我們學校的proxy。。。

    2017-07-20 19:27 回復

  • Jacqueline

    想問問作者,我從知網上下載的論文,PDF格式,倒入papers之后,為何iOS客戶端上點進去每次也都是鏈接呢?

    2017-03-25 19:48 回復

    • 郝海龍

      這個我還真不太清楚,我這邊 PDF 沒有出現(xiàn)你說的這種情況。有可能是你保存的是原始鏈接而非 PDF 文件,iOS 端也沒打開自動下載。

      2017-04-10 09:51 回復

    • 你是怎么導的呢,可能是導入過程有問題

      2017-07-04 19:48 回復